合肥第二人民医院始建于1950年，前身为中国人民志愿军第十兵站医院，1953年，改名为志愿军2405医院，1954年，改名为521医院，1958 年，521医院集体转业来肥，与合肥市卫生局第二门诊部合并，组建合肥市第二人民医院。1959年，医院改名为“合肥市工人医院”，开放床位150张。 1962年，恢复“合肥市第二人民医院”院名。1970年，在“文化大革命”中，一度更名“合肥市工农兵医院”。1978年，再次恢复“合肥市第二人民医院”院名。1987年，兴建门诊大楼，病床增至450张。1999年，兴建病房大楼，编制床位增至550张。2004起，在新一届领导班子的带领下，医院力改医院占地面积小的瓶颈，积极挖潜改造，医院建设和发展迈上新台阶。2005年，开放床位增至671张，2007年，急救医学中心开业，实际开放床位也增加至800张。2011年，合肥市第二人民医院新区正式开诊。同时，医院成建制整合托管了六年的合肥市第八人民医院。至此，医院总占地面积达200亩，由新区(广德路院区)、和平路院区(原医院本部)、长江东路急救医学中心三个院区组成，下辖长淮街道社区卫生服务中心、大通路街道社区卫生服务中心，和平路社区卫生服务中心(原市八院)和长淮街道红星社区卫生服务站，成为合肥市东区医疗、教学、科研、预防保健、康复和急救的重要基地。现有职工2000人，专业技术人员1650人，开放床位1600张。

目前，医院已成为国家卫生部三级甲等综合性医院和国家爱婴医院、安徽医科大学附属合肥医院、安徽医科大学第四临床学院、山东大学医学院研究生合肥社会实践基地。

六十多年来，二院人踏踏实实干事业，认认真真谋发展，步履铿锵，落地有声，走出了一串串闪光的脚印，创造出一个个骄人的业绩，在合肥市的卫生发展史上谱写了一幅幅动人篇章。

重视学科建设。三个院区共设有临床科室和诊疗中心63个，医技科室30个。拥有安徽省临床医学重点发展学科(血管外科)、安徽省临床医学特色专科(医学影像中心)、合肥市重点学科(血管外科、医学影像中心、神经内科、内分泌科)、合肥市重点扶持学科(心血管内科、麻醉科)、合肥市特色专科(骨科)。设有临床研究室6个(心脏起搏研究室、血管外科研究室、临床药学研究室、髋关节疾病研究室、脑血管病研究室、医学影像研究室)，临床实验室4个(临床中心实验室、骨科临床实验室、神经内科临床实验室、耳鼻咽喉科临床实验室)。

重视人才培养。为每一位职工创造良好的职业平台，定期选送各级各类人员赴国内知名医院进修学习，选送**业务骨干赴德交流学习，鼓励在职医护人员参加在职研究生教育，邀请国内外知名专家来我院开展学术讲座。强化24小时住院总制度。

实施“科技兴院”战略。2005年至今，共获得省、市科技进步奖20项。获省、市重点立项科研课题51项，发表论文千余篇，主编、参编《心电图P波形态诊断学》、《CT诊断与临床》等多部医学专著，其中由医院专家主编的《脑、脊髓和脊柱磁共振诊断图谱》和《心电图专题解读》被《健康报》作为医疗界重点推介书目进行推广。

医院先后荣获“全国百姓放心示范医院”，“安徽省文明单位”、省级“诚信医院”、“合肥市诚信医院”、“安徽省卫生系统十佳单位”、“合肥市文明单位”、“全国医院文化建设先进单位”、“合肥市先进基层党组织”等荣誉称号。

有万元以上设备137件(台)，总价值达1800多万元，如核磁共振、全身CT机、大型岛津X线机、全自动生化分析仪、超声心动图、彩色多普勒超声仪系列、全自动血气分析仪、脑地形图仪、系列纤维内窥镜、计算机信息网络系统等大型先进医疗设备和仪器。