我院创建于1952年，原名广兴联合中医院，是华东地区最早建立的中医院之一。建院之初，医院设有内科、针灸科，开放病床10张，全院职工仅11人。1971年9月，医院正式更名为杭州市中医院。1979年1月，医院迁入武林门新址，新建病房楼，床位增加到 200张，职工人数增加到近400人。1989年，医院成为浙江中医药大学(原浙江中医学院)的非隶属附属医院，承担和接收该校学生的见习、实习等教学任务。承担全市的中医医疗、预防、科研、教学以及干部保健、体检的任务，在杭州百姓和老干部中享有良好的口碑。

医院门诊科室齐全，设有临床、医技科室40余个，开设病区31个，开放床位1000张。新的中药制剂中心将于2012年上半年投入使用。

2011年完成门急诊206万人次，出院27000人次;完成住院床日358272天，床位使用率115%。医院目前总资产11亿元。医院的综合实力、主要指标在全国中医院中名列前茅，在全国中医界具有很高的知名度。

课题立项106项(包括省部级、省厅级和省自然基金项目)，完成科研课题75项，获各级科研成果奖近百项，其中获浙江省科技进步二、三等奖10项，杭州市科技进步一、二、三等奖19项;2006年“慢性肾脏病中医临床证治优化方案的示范研究”获国家科技部“十一五”支撑项目立项。

医院先后被授予三级甲等中医院、全国示范中医院、杭州市重点涉外参观单位、杭州市对外开放接收外国留学生进修单位、杭州市外国人专诊医院、浙江省台胞定点医院、杭州市外商投资定点医院、全国中医普法教育先进集体、浙江省精神文明建设先进集体、浙江省文明中医院、浙江省消费者信得过单位、浙江省绿色医院、杭州市文明单位、杭州市消费者信得过单位等荣誉称号。

拥有核磁共振、螺旋CT、DSA等价值3亿余元的医疗设备。